祭孔之前，钦天监早已选定吉日，孔府、孔庙、孔林三孔之地皆被精心洒扫，以迎圣驾。太常寺预备了祭品，祭帛与乐器陈列于孔庙堂上。司设监与锦衣卫在孔庙外设立了御幄。高务实入阁多年，以往多次代表皇帝祭孔，不过当时既然是代表皇帝，便是主祭人，这次却换了个身份，做了主赞人。
到了地方，皇帝如前一般身着澜衫，百官却都身着官服或赐服，先行至孔庙门外，分列东西，迎驾并序立等候。衍圣公孔尚贤及曲阜县令孔胤植等率地方官员及士绅，更是早早来到庙门外，东北面跪迎圣驾。
皇帝朱翊钧着澜衫，腰系革带，头戴方巾，不以九五之尊，而以士人之姿乘御辇独走道中。驾至，衍圣公及曲阜县令率众跪迎，皇帝降辇，步入御幄稍作休息。礼部官员奏请皇帝沐浴，准备行礼。其余官员各换祭服。
随后，太常寺官员导引皇帝出御幄，步入孔庙，行至盥洗处，再次洗净双手，以示纯洁之心。在典仪的唱和下，皇帝步入孔庙正殿，随行的国子监祭酒、司业及学官诸生已在庙门外左侧跪迎。皇帝至庙门，祭酒率众学官起立，引导皇帝升御座。鸿胪寺官员赞排班，百官及诸生行五拜叩头礼。
礼毕，祭酒、司业及学官诸生分别就位，准备讲经。祭酒从东阶升堂，北向而立，执事官举经案进于御座前。礼部尚书于慎行奏请皇帝授经于讲官，祭酒跪受，置于讲案上，然后至堂中北向而立。
内赞官员引导皇帝与众官员进入讲堂，祭酒开始讲授儒家经典。讲毕，皇帝与众官员一同聆听，祭酒讲完，将经书放回原处，叩头退出。
重点时刻到来，皇帝亲自至孔子神位前，这是典礼的重中之重。皇帝朱翊钧步至孔子像前，亲手圭，主赞官高务实跪进帛，乐声渐起。皇帝立受帛，献毕后，授高务实奠于神位前。
随后，进爵乐起，皇帝立受爵，献毕同样授高务实奠于神位前。乐声止，皇帝出圭，分奠官以次诣神位前奠爵，讫各以次退原拜位。
赞礼官员唱出送神之词，乐声再起，皇帝鞠躬拜兴，拜兴平身。通赞分奠陪祀行礼，同赞礼毕。主赞官高务实导引皇帝由中道出，分奠陪祀官各退，易祭服。皇帝入御幄更衣，礼部尚书于慎行奏请皇帝幸孔林，以示对孔子及其家族之尊重。
总之，整个祭孔典礼从准备到结束，无不体现出对至圣先师孔子的崇敬之情，以及皇帝与朝廷对儒家的尊重与推崇。特别是皇帝身着士人服饰亲自拜祭孔子的环节，更是凸显了皇帝作为读书人的属性，以及对嘉靖大礼议之后皇帝不拜孔子传统的巧妙融合与尊重。而首辅高务实作为皇帝身边最重要的配合官员出现，既彰显了皇帝对儒家文化的重视，也彰显了高务实在朝中的影响力。
正经的祭孔大典至此已经结束，所谓皇帝“幸孔林”，其实就是参观瞻仰一下，大抵不会再有多少重要事务了。
然而意外的是，众人退出孔庙之外重新集结之后，皇帝忽然派陈矩传话，说要宣读一道疏文，然后皇帝会当众宣布圣意。
这事就很奇怪了，疏文是臣子写给皇帝的奏章，通常只有皇帝重点回复过的疏文才会原文附上并下发相关衙门及地方，而走的也是通政司及邸报路子，却不闻当众宣读之例。
如今居然有一道疏文值得皇帝大张旗鼓，在祭孔大典之后当众宣读，然后再当众传下圣意，这真是太罕见了，究竟是什么事，又是什么人上的这道奏疏呢？
众官下意识将目光投向高务实。看来，所有人都觉得只有高元辅才有这样大的面子了。然而他们很快发现，高务实也一脸茫然――只不过他是朝皇帝望着的。
啊？难道高元辅也不知道是什么事？嗯……难不成是皇上要册封国公，而这件事没有提前通知元辅？
不过，他们也不必多想了，因为陈矩已经开始宣读那篇疏文，而且因为疏文的格式问题，只一开口众官就知道自己猜错了。
“礼部左侍郎方从哲疏言学校六事：
一议庙像：谓孔子庙庭南都，自太祖已易木主。至嘉靖初，议令天下尽以主易像，而至今撇存不一。且孔子已称先师，而未撤者犹冕服称王。即乐舞八佾，亦非所以妥圣灵。
一议从祀：谓诸贤儒去爵号，称某子。既无朝代可寻，又无爵里名字可考，宜仿孔庙之制，镌立二石，详载其世。又唐贞观二年，颜子自十哲升配，而补曾子。总章元年，曾子又升配，而补子张。考其学问与圣门所评及同列所尊，事子张不及有若，而乃置有若于庑下，登子张于十哲，非所以定祀典。
又谓今所罢绌戴圣、刘向、王弼、贾逵、何休、王肃、荀况、何晏、马融、杜预、杨雄、吴诸儒，虽多可议，然传释经义，功不可泯。蔡沉注《书》得祀，陈浩注《祀》亦宜准其例。
《论语》成于有子、曾子之门人，故二贤独以子称。《论语》首记孔子之言，次即有子、曾子继之，此其验也。有子门人无所考，曾子门人之贤者莫如公明宣、乐正子春。《论语》又有齐论、鲁论、古论之异，至汉张禹、郑玄，晋何晏始合为一书，今所读者三子之所定也。
司马迁谓孟子所如不合，退而与万章、公孙丑之徒著书七篇，后世又有假托，皆名孟子。今之所读乃赵岐之所定也，是数子者合祀与否，所当讲明。
又谓文字自苍颉始制，嗣以史籀、程邈、李斯、蔡邕、李阳冰辈，乃大备，实与经传相表里。宜于文庙创立一祠，以隆其祀，并祀造纸之伦、制笔之恬。此皆大有益于世，非诸名宦乡贤泽一方、范一时者比，所当以义起也。
一定学制：谓学祖宗所慎重，今教官徒取充位，不获实用，或聚之书院，倡为讲学，有类该禅，名为主静，无异入定。
圣如孔子，犹曰学于文；贤如颜子，犹曰博我以文。今则以六经为糟粕，谓不立文字，直可超悟。圣贤千言万语，皆从心上说来，中和位育之功，皆自心上做出。
今谓心亦不用，曰不思善不思恶，但看本来面目。曰六经注我，非我注六经，以佛老之似乱孔孟之真。及徐观其所以，则又人所深耻而不为者，分门主党，自谓圣学而以举业为俗学。夫举业所学，亦圣贤之义理也，以其既资出身，旋即弃之，人自俗耳，于学何尤。
又学较之政，人各一法，东西莫适宜。取各处提学教条，命礼部折衷，令可永为遵守。提学岁考，数年不及一周，科场迫近，但务截考，不如以其权分委之各府，而总摄于提学，听其参究焉。
又谓近来时文寝失旧制，险怪钩棘，破析文义，冗长厌观。虽时加禁革，难以猝改，必如殴阳修之绌刘几，丘浚之黜寻悦，而后可一。
议删定春秋汉兴以来，三传并行，迄今而主胡传。胡传之论虽正，而事实或隐。三传事颇详尽，而论莫折衷，宜命儒臣深明是经者，大加精择，务求归一。
礼记多汉儒附会，陈浩集说但解章句，卷帙浩繁，亦宜详加订正。至于朱子纲目，并尹起莘发明，刘古益所作书法，删繁就简，列于学宫，令提学务以此试士。