青州事件后山东巡抚方大猷惶惶不安，只好请求清廷发“真满洲官兵一万星夜南驰”，清廷得报知道事态严重，派梅勒章京和讬、李率泰领兵赶赴山东，十月初六日，和讬、李率泰部到达济南，初八日前往青州，早已降清的明青州守备李士元献计智取，他同清廷委任的青州道韩昭宣等官绅暗中勾结，进入青州城内充当说客，李士元对赵应元威胁利诱，劝他转投清方，由巡抚上疏清廷解释青州之变“只以总督虐民诛之其余不戮一人今复以全城归命天子则通侯之赏可立至矣”.
赵应元果然受骗，不再跟锦衣卫和昌乐、寿光义军合作，带了甲士数百名出，同清将和讬等会面，双方钻刀歃血对天起誓，当天晚上赵应元在府城北门的瞻辰楼设筵大张酒乐，清军按李士元等约定的计划伏兵城外，席间炮声突发，李士元、韩昭宣和随从当场击杀赵应元、杨王休，清军趁赵军大乱拥入城中，格杀招降余党青州的反清事件遂告失败。
十月十二日，涂德海率领五千骑兵一万步兵到达青州府，得知青州城被破赵应元被杀，联合赵应元所部无从谈起，不过梅勒章京和讬、李率泰所部一万清军，已经于十一日离开青州，青州城里只有汉奸李士元、韩昭宣的三四千乌合之众。
田承嗣给马贵、涂德海在山东定的策略是：“高筑墙、广积粮、缓称王”，在今年不要引起清军的重视，可涂德海看着清军和讬、李率泰离开，青州城只有李士元、韩昭宣的三四千乌合之众，实在是舍不得放弃这块到嘴的肥肉。
十月十四日，涂德海命令锦衣卫撤换旗帜，以山东民军的面目出现，一举攻入了青州城，歼灭了一千多李士元、韩昭宣的汉奸军，俘虏了李士元、韩昭宣等三千多人，十五日，涂德海诛杀李士元、韩昭宣等一千多人，随后出兵控制了青州府大部分地区。
从十月十二日开始，大顺军连续攻克济源、孟县，清怀庆总兵金玉和领兵出战，在柏香镇几乎全军覆没，金玉和与副将常鼎、参将陈国才等均被击毙，大顺军乘胜进攻怀庆府治沁阳县，清卫辉总兵祖可法连夜带领军队进入沁阳固守待援，消息传到北京城，多尔衮大为震惊，他认识到大顺军实力还很强，于是让多铎改变进军方向，由南下转为西进，先解沁阳之围，然后进攻潼关，打开入陕门户，同阿济格部清军南北合击大顺军。
大顺军取得怀庆战役胜利，却引来了两路清军主力进攻，顿时陷于左右收攻的被动局面；多铎部清军暂缓南下，使求和不成的南京弘光朝廷得以苟延残喘，江北四镇刚刚报了平安，马士英和东林党之流，又继续搞起了窝里斗。
苦尽甘来的朱由崧，荒淫可以同许多亡国之君媲美，他刚刚登上皇帝的宝座就以“大婚”为名，派出内官在南京、苏州、杭州等地挑选“淑女”，太监屈尚忠之流乘机作威作福，“都城内凡有女之家，不问年纪若何，竟封其门，受金然后释放，又顾别室，邻里哭号，唯利是图”，弘光帝以大婚为名搜索民间绝色闺女，而且还喜欢母女和寡妇，这几乎成了他关心的头等大事。
在阿济格、多铎两大主力全部投向陕西战场，同大顺政权一决雌雄的时候，清廷在畿辅、山东、豫东部署的兵力相当有限，只留下肃亲王豪格带领为数不多的军队扼守黄河，肃亲王豪格向河南的明军招降，河南总兵许定国私下派人同清方接洽投降事宜，豪格回信许许定国封侯独领河南，不过要许定国把儿子送去充当人质，一时间许定国跟豪格是眉来眼去的。
山东总督王永吉派人侦得“建州精骑尽往征闯北直、山东一带皆单虚”，向弘光朝廷建议：臣近闻西安已破流贼败走汉中不胜踊跃继又不胜忧疑也.虏乘虚击贼所向披靡其气必骄.向屡入内地未逢敌手今见国家新创半年以来未能出门一步其心必懈.骄与懈皆犯兵家之忌.若简骁劲马步一枝直走开、归进窥曹、单防其抄袭淮阳为正兵;以骁劲马步二枝疾趋沂、济为奇兵电击星驰计日而可复二城.若二城既复衮、济、临、德遂成破竹.军声一振青、齐豪杰响应土兵民马、铳炮军资远近辐辏联络犄角攻其无备必建奇功.盖当此内外凋敝时须破釜沉舟决一死斗.倘欲动出万全必胜之策实无此策.臣不胜踊跃者此也.若谓长河、长江未必直称天堑;一番挑激彼必速来殊不知奴虏虎视中原意欲并吞天下.特与逆贼相持不暇倾巢压境耳.今西安破陷已真虏既入陕寇复入川宣、云、秦、晋、东豫、荆、襄胡马进退自由前无所牵后无所掣全副精神总在江南纵不挑而激之能保其不投鞭而问渡哉!臣不胜忧疑者此也.……昔齐人有乘势待时之说今有势可乘无时可待过此以往事变愈多日益忙乱矣。
江西总督袁继咸也上疏说：“闯为虏败，虽可喜，实可惧，虏未及谋我者闯在耳，闯灭非江南谁事？”主张趁清军主力仍在陕西的时机，派军北上收复失地，大学士马士英、史可法惟恐出兵黄河流域收取山东等地，将触怒清廷引火烧身，偏安江南坐山观虎斗，使他们利令智昏，幸灾乐祸地按兵不动，让清廷得以集中兵力打败大顺军，控制整个北方地区，弘光朝廷推行的消极避战的“借虏平寇”政策，直接导致了弘光朝廷的覆亡。
清朝豫亲王多铎、智顺王孔有德、怀顺王耿仲明统领军队，在怀庆地区击败当地大顺军后，于孟津县渡过黄河，十二月十五日进至陕州，大顺军张有曾部驻于灵宝县城外，被清军击败，多铎部在二十二日推进到距离潼关二十里的地方立营，驻防潼关的大顺军巫山伯马世耀部下只有七千余兵马，难以抵御多铎统率的清军，李自成知道一旦潼关失守，西安就保不住了，于是他亲自同刘宗敏、刘芳亮等大将带领原拟赴陕北的大顺军主力赶往潼关。
清廷对夺取潼关非常重视，增派固山额真阿山、马喇希等统兵经山西蒲州渡河协助，并且急调红衣大炮供攻打潼关之用，十二月二十九日，潼关战役开始，大顺军主将刘宗敏先战，失利后退入潼关。
崇祯十八年(顺治二年)正月初四日，刘芳亮领兵出战，又被清军击败，于是李自成亲自率领马、步兵迎战，多铎命令八旗兵全力会战，大顺军再次失利，步兵损失甚多，.初五、初六两天，大顺军连续夜袭清军大营，都被早有准备的清军打退，大顺军不仅没有取得战果，反而损失上万将士。
正月初九日，清军红衣炮军运达，十一日，清军进逼潼关口，先用红衣大炮轰击，大顺军在不利的情况下仍然顽强抵抗，力图扭转战局， 清军大举进攻，相继攻入大顺军阵，大顺军先派骑兵反击，又调遣部分兵马迂回到清军阵后突击，都被清军击败。
正在这个关键的时刻，北路清军由英亲王阿济格率领，已由山西保德州渡过黄河进入陕北，尽管李过、高一功在延安、榆林英勇抵抗，阿济格为了尽快夺取西安，只留下姜瑄率领一批明朝降将继续包攻榆林，并占据了米脂县，李自成面临清军两路夹攻，大顺军主力已经调到潼关，如果继续在潼关同多铎部硬拼，西安必将被阿济格部攻占，大顺政权的文武官员、将士家属以及重要物资都很难保住。
李自成同刘宗敏、刘芳亮等被迫率主力撤回西安，十二日，清护军统领尼堪等领兵占潼关，大顺潼关守将马世耀率所部七千人投降，第二天多铎以打猎为名，在潼关西南十里的金盆口设下埋伏，然后谎称举行宴会，把马世耀部下的马匹器械全部解除，借口马世耀私通李自成，一声号令埋伏的清军突然冲出，把马世耀和他部下七千余名大顺军将士全部屠杀贻尽。