药师兜，从小被志村辉的锅影老爹当做间谍培养，并且让其游历于各国之间。
药师兜是一个孤儿，从小就被木叶孤儿院的院长药师野乃宇收养。这个药师野乃宇是根组织的成员，原本从根脱离的她，摆脱了血腥的世界投入了福利慈善行业之中。
志村团藏却不想放弃这么好用的棋子，本着“绝不浪费”的传统美德，志村团藏以孤儿院的资金威胁药师野乃宇为自己效命。
为了孤儿院的孩子着想，药师野乃宇只能再次捡起老本行开始间谍工作。
可是贪心不足的团藏依旧逼迫药师野乃宇孤儿院里的兜作为间谍忍者培养，并且在最后决定杀死这两个掌握了自己许多情报的部下，于是精心安排了照片欺诈骗局，诱使二人自相残杀。
计划到这里，志村团藏的心黑已经升华到了堪称艺术的水准。
也是因为这件事情才间接诱使了药师兜一步步成长为了后期大boss之一，致使药师兜中二癌晚期爆发，失去了生存意义的药师兜就开始了作妖，直接参与并且引爆了第四次的忍界大战。
这是原剧里的剧情，可这一世中有志村辉的干预下，志村团藏最终取消了这个计划。团藏取消的原因就是被察觉该计划的亲儿子逼迫所致，志村辉大闹根组织基地的光辉往事。
志村辉怎么可能看着自己的蠢B老爹去“培育”出一个大boss呢？果断地干预了这个计划。以自己根组织二当家的权柄，召回了药师兜和药师野乃宇二人，并且说服了四代目火影波风水门出资援助了孤儿院，并且大量吸收火之国的孤儿作为忍者后备力量储存。
木叶依靠着山中一族来排除孤儿是间谍的可能性，志村辉的这个计策也成为了壮大木叶忍者力量的重要一环。
也因此药师野乃宇和药师兜纳入了四代目派系的保护之下，彻底是摆脱了根组织的纠缠。
也因为这件事情，让志村辉明白自己必须要在根组织内拥有自己的力量，于是便在与波风水门的合谋并且向团藏施压夺权。
最终志村辉得到了根组织三分之一的调配权力，不过这个结果和他们的试压没有太大关系，反而是在志村团藏有意退让下，才让志村辉成功获取了权柄。
药师野乃宇二人都对解救他们的志村辉感激涕零，安顿好了二人的生活后，志村辉就没有多去关注二人的事情了。
没想到在多年后自己找到大蛇丸要求合作时，志村辉在大蛇丸这里再次见到了药师兜。不过这一次药师兜的身份不是原著里的助手身份了，而是身为大蛇丸的弟子身份立足的。
据与大蛇丸的交谈中方才知晓，原来大蛇丸未叛离木叶时就看重了药师兜的天赋，于是后来收其为自己的弟子兼助手培养。在大蛇丸叛出木叶时，药师兜也跟着大蛇丸离开了。
后来奇怪于为何药师兜放着好好的生活不过，反而跑去和大蛇丸混了。志村辉私下和药师兜谈过了，药师兜才缓缓道出原因。
随着四代目火影的死去，孤儿院的资金供给也断了。为了孤儿院的存续，药师兜决定跟随愿意提供资金的大蛇丸。
在给大蛇丸打工的期间，药师兜发现自己越发着迷于科学这份事业，希望用余生都投入在这个伟大而又神圣的行业。
不仅仅能够为孤儿院赚到足够的资金，还能够做自己感兴趣的工作，药师兜又有什么理由拒绝。而看重药师兜研究方面天赋的大蛇丸，也是对这个弟子非常满意，其在治疗忍术上的造诣和研究天赋帮了大蛇丸不少的忙，自然对其非常看重。